本专业委员会下设专家委员会、青年科学家委员会和秘书处。本专业委员会实行主任与专家委员会主任领导下的，由副主任、秘书长和常务副秘书长、青年科学家委员会主任组成的专业委员会领导集体（以下简称“领导集体”）共同负责制。领导集体定期召开会议确定本专业委员会的重大事宜。
主任的主要职责包括：
（一）统领本专业委员会工作。
（二）召集和主持本专业委员会领导集体办公会议；
（三）提名本专业委员会副主任、专家委员会主任、秘书长、（常务）副秘书长、青年科学家委员会主任人选；
（四）检查各项决议的落实效果。
专家委员会是本专业委员会的最高学术指导和咨询机构，专家委员会的职责包括：
（一）审查决定本专业委员会重大学术和技术事宜；
（二）策划、组织、监督和积极参与本专业委员会的各项重大活动；
（三）提出本专业委员会建设的意见和建议。
秘书处为本专业委员会的常设办事机构，负责执行专业委员会和专家委员会的各项决定、处理日常工作和对外联络，主要职责包括：
（一）主持办事机构开展日常工作，组织实施工作计划，保证工作成效；
（二）发展协调各三级学会等开展工作，检查工作成效；
（三）提名各三级学会主要负责人，交领导集体办公会审议决定；
（四）决定办公室专职工作人员的聘用；
（五）对办公室工作人员进行培训和管理；
（六）处理本专业委员会其他日常事务。
青年科学家委员会是本专业委员会的下设机构，旨在培养青年科学家，由主任、副主任及委员组成。委员由必须是本专业委员会高级会员或团体会员单位骨干成员，并取得副高级及以上专业技术职务，年龄40岁以下，经青年科学家委员会批准后，报本专业委员会备案。
本专业委员会设立顾问委员会，由环境管理领域中国工程院和中国科学院院士或相应级别高层次专家组成，为本专业委员会的重大决策提供顾问咨询。
本专业委员会可根据工作需要，设立工作委员会等下属机构。
